Gagasan untuk membangunkan sistem kereta api kereta api dilaporkan bermula pada 1990-an. Walau bagaimanapun, rancangan tersebut diperkukuh secara rasmi hanya pada 2011 melalui Keputusan Presiden Nombor 83 Tahun 2011 yang menugaskan PT Angkasa Pura II dan PT Kereta Api Indonesia untuk bersama-sama melaksanakan projek tersebut. Projek itu mengalami halangan disebabkan oleh pertikaian pemilikan tanah untuk pembinaan landasan baharu dan perubahan rancangan yang berpanjangan. Perkhidmatan kereta api di antara Lapangan Terbang Antarabangsa Soekarno–Hatta (SHIA) dan BNI City dibuka pada 26 Disember 2017 dan dirasmikan pada 2 Januari 2018.[5] Khidmat tersebut kemudiannya dilanjutkan hingga ke Manggarai pada 5 September 2019.[6]

Pada awalnya, rancangan projek kereta api ini hanya untuk menyambungkan stesen Manggarai di Jakarta Selatan dan SHIA di Tangerang. Pelanjutan rangkaian untuk menyambungkan stesen Jakarta Kota di Jakarta Barat telah diumumkan pada tahun 2017,[7][8] tetapi tidak beroperasi setakat Mac 2019. Pelan pelanjutan itu bagi memberi khidmat Jakarta Kota melalui Kampung Bandan dan Duri pada landasan sedia ada.